Не менее важной оказалась проблема обеспечения прочности рулевого винта на Ми-4. Попытки усиления винта В1Х1 не увенчались успехом, и конструкторы ОКБ М. Л. Миля вместе со специалистами ОКБ Г. М. Заславского, ЛИИ и ЦАГИ создали в 1960 г. новый рулевой винт В531-Х3, успешно применявшийся на вертолете до конца его эксплуатации.
На Ми-4 был проведен ряд уникальных экспериментов, имевших большое значение для развития вертолетостроения. Так, в 1955 г. на летающей лаборатории Ми-4АП была исследована принципиальная возможность использования автопилота (АП-5). Через два года на серийные машины начали устанавливать первый отечественный вертолетный автопилот АП-31. В том же 1957 г. впервые был выполнен отстрел лопастей несущего винта в воздухе для осуществления аварийного покидания машины экипажем. В 1964 г. на летающей лаборатории Ми-4 впервые прошел испытания автопилот АП-34, который, в отличие от АП-31, имел последовательную, а не параллельную схему включения. Ми-4 впервые был применен для краново-монтажных работ. На Ми-4 проводились испытания по снижению заметности вертолетов путем установки шумопламегасителя.
Вертолеты Ми-4 эксплуатировались более широко, чем Ми-1. В просторной грузовой кабине Ми-4 можно было перевозить: 16 десантников или 8 раненых; автомобиль ГАЗ-69 или два мотоцикла М-72 с колясками и 5 десантников; полевую пушку с расчетом и запасом снарядов или два миномета калибра 83 мм с расчетами и 7 ящиками мин. Помимо десантно-транспортных операций, Ми-4 после определенного переоборудования использовались для спасательных работ и эвакуации больных и раненных.
Вертолеты Ми-4 сначала поступали в войсковые вертолетные эскадрильи, а затем из них уже формировались отдельные вертолетные полки – по несколько на военный округ или группу войск. Помимо войсковой авиации, вертолетами Ми-4 стали укомплектовывать отдельные эскадрильи других видов вооруженных сил.
В ходе эксплуатации вертолет Ми-4 постоянно модернизировался. С 1958 г. базовый десантно-транспортный вариант строился под обозначением Ми-4А (Ми-4АДТ). Он отличался от Ми-4 улучшенной конструкцией лопастей, увеличенной площадью стабилизатора и наличием автопилота АП-31. Ресурс основных частей Ми-4А превышал 600 ч. К середине 70-х гг. назначенный ресурс вертолета превысил 10 тыс. ч.